과세사업자인 경우 – 권리금 부가가치세 처리
사업 양도수수료 과정에서 권리금과 관련된 세무처리는 해당 사업자가 과세사업자인지 면세사업자인지 여부에 따라 달라지며, 포괄양도인지 여부에 따라서도 달라집니다.
포괄양수도인 경우
부가가치세법 시행령 제23조에 따르면, 포괄양수도는 재화의 공급으로 보지 않기 때문에 부가가치세 과세 대상이 아닙니다.
따라서, 과세사업자가 병원을 양도하는 경우라도 포괄양수도 방식이라면 부가세를 청구하거나 세금계산서를 발행할 의무가 없습니다.
포괄양수도가 아닌 경우
이 경우, 과세사업자 또는 일반 병원의 경우 권리금은 부가가치세 과세 대상입니다.
과세사업자의 경우, 권리금이 과세범위에 해당하므로 반드시 부가가치세를 포함해 세금계산서를 발행해야 하며, 권리금의 10%에 해당하는 부가가치세를 양수인으로부터 받아야 합니다. 이때 발행되는 세금계산서의 공급가액은 권리금 금액 자체가 됩니다.
예를 들어 권리금이 5천만 원인 경우, 부가세 포함 시 공급대가는 5천5백만 원이 되고, 간주하여 약 4,545,454원을 부가세로 신고해야 합니다.
이처럼 과세사업자는 양도하는 권리금에 대해 부가가치세를 징수하고 세금계산서를 발행해야 하므로 주의가 필요합니다.
면세사업자인 경우 – 계산서 발행 및 유의사항
포괄양수도인 경우
면세사업자는 부가가치세가 면제되므로 권리금과 관련된 세금계산서를 발행하지 않아도 됩니다.
또한, 포괄양수도 시 권리금은 재화의 공급으로 보지 않기 때문에 계산서 발행도 필요하지 않습니다.
포괄양수도가 아닌 경우
면세사업자의 경우에도 권리금에 대한 계산서를 발행해야 합니다.
단, 면세사업자의 권리금은 부가가치세를 추가로 청구하지 않으므로, 계산서를 발행하지 않을 경우 가산세가 부과될 수 있으며, 부가세가 면제되어도 권리금의 수취 시점과 포괄양수도 여부에 따라 계산서 의무가 존재하므로 주의가 필요합니다.
※ 주의사항: 면세사업자임에도 권리금의 수취를 포괄양수도로 허위 작성하는 사례가 적지 않습니다.
포괄양수도는 병원의 공급으로 보지 않기 때문에 세무서에서 권리금이 적힌 계약서를 근거로 양도소득세나 부가가치세 부과를 피하기 위한 수단으로 간주할 수 있습니다.
특히 아래의 경우에는 병원 양수도를 포괄양수도로 보지 않아 과세대상으로 판단될 수 있습니다:
① 의료장비나 인테리어 등 자산만을 양도하고 영업권 등 무형자산을 포함하지 않은 경우
② 양도인이 양도 후에도 기존 병원을 그대로 운영하거나, 인근에서 다시 개원하는 경우
③ 인수한 신고서나 사업자등록증 등을 통해 실질적 사업승계가 없다고 판단되는 경우
실무적으로는 양도 병원이 포괄양수도에 해당하는지 여부를 명확히 판단하는 것이 가장 중요하며,
양도자와 양수인 모두 세금계산서를 이행하지 않을 경우 불이익을 받을 수 있습니다.
또한, 가산세가 부과되거나 불성실 신고로 인한 불이익을 줄이기 위해선 전문가의 조력을 받는 것이 바람직합니다.
권리금의 원천징수와 종합소득세 신고
권리금에 대한 원천징수의무
동물병원을 양수하는 사업자는 권리금을 지급할 때 8.8%의 세율로 원천징수해야 합니다.
예를 들어, 권리금이 5천만 원이라면 4,400,000원을 원천징수하여 국세청에 신고·납부하고, 나머지 45,600,000원을 양도인에게 지급해야 합니다.
권리금을 받은 양도자의 종합소득세 신고
동물병원을 양도하여 권리금을 받은 경우, 해당 금액은 기타소득으로 간주됩니다.
권리금이 3천만 원을 초과하면 기타소득이 아닌 종합소득으로 보아 최대 40%의 세율로 과세됩니다.
이 경우, 권리금 외에 양도대가로 받은 금액이 있다면 이를 합산해 종합소득세를 신고해야 하며,
원천징수된 금액 8.8%는 선납세금으로 인정되어 나중에 정산 시 차감됩니다.
이처럼 권리금 계약 시에는 과세, 면세 여부와 포괄양수도 적용 여부에 따라 세금 처리 방식이 매우 달라지므로 반드시 전문가의 자문을 받는 것이 안전합니다. | 
